在双一流建设经费的支持下，海洋生物多样性团队在浮游生物和底栖生物多样性及其适应性机制方面取得了以下进展：

林森杰教授团队运用“DNA宏条形码”技术，系统的对中国南海及台湾海峡典型海区浮游生物多样性进行了分析。发现在台湾海峡浮游生物18s rDNA数据中共有2491个OUT类群；较大粒径的浮游生物（3-200um）比小粒径（0.22um-3um）浮游生物有更明显的站内聚群现象，说明小粒径生物有更广泛的地域分布能力。同时昼夜变化对10%-36%的浮游生物分布有重要的影响，说明群落结构组成会随时间发生小时尺度的变化。数据为系统性构建中国近海真核浮游生物群落结构以及DNA条形码数据库奠定方法及数据基础。

林森杰实验室在珊瑚共生藻类--虫黄藻的研究中，建立了以ITS2为主要分类识别区的高通量测序分析流程；同时，通过解析不同类群的虫黄藻株系的rDNA拷贝数，建立了珊瑚生态系统虫黄藻种群结构和种群丰度的分析方法。

董云伟教授团队以底栖生物为研究对象，对潮间带贝类温度生化适应机制进行了广泛且深入的研究。建立了基于代谢关键酶的“酶学特性测定–模拟计算预测–蛋白表达验证”的创新性研究模式，实现了海洋贝类生化适应研究从定性到定量的突破（Dong, Y. W. et. al. , 2018, PNAS；Liao, M. L. et. al. , 2019, PNAS）。研究定量分析了潮间带贝类MDH结构和功能与其分布的相关性，揭示了蛋白质对温度适应性进化的关键变异位点，提出了特定区域氨基酸变异位点的“调控效应传递作用”，阐述了蛋白质稳定性与生物地理分布的内在机制。