中国-东盟海洋学院拟设置2个系和3个中心，分别是海洋科学与环境科学系、海洋生物科学与技术系、海洋科学研究中心、海洋事务与可持续发展研究中心、海洋科技与管理培训中心；确定以培养研究生为主的本硕博人才培养体系；厦大本部、马来西亚、全球优秀人才配比1:1:1。